Investigación Avanzada y Epigenomica
Transcriptomics (Long-read)
La transcriptómica basada en lecturas largas de Oxford Nanopore a partir de cDNA permite caracterizar transcritos completos en una sola lectura, preservando la estructura real de los ARNm. Este enfoque facilita la identificación precisa de isoformas, eventos de splicing alternativo y la organización transcriptómica completa, sin depender de ensamblajes fragmentados.
En comparación con tecnologías de short reads, la secuenciación de cDNA con Nanopore reduce significativamente las ambigüedades en la reconstrucción de transcritos y proporciona una visión funcional más confiable de la expresión génica, incluso en genes largos, complejos o poco anotados.
Aplicable a: bacterias, plantas, animales, humanos y organismos no modelo.
Ventajas de ONT para Epigenómica
- Lectura directa de modificaciones del ADN
- No requiere bisulfito u otros tratamientos
- Preserva el contexto genómico completo
- Aplicable a múltiples tipos de muestras
Aplicaciones
- Estudios regulatorios y funcionales
- Investigación en patógenos y microbiomas
- Genómica humana y medicina de precisión
- Mejoramiento genético vegetal
- Investigación evolutiva y ambiental
Informacion adicional
En ATG Biosciences, combinamos epigenómica y secuenciación adaptativa para responder preguntas científicas complejas, ofreciendo soluciones flexibles, personalizadas y de alto impacto.
RNA-seq Directo (Direct RNA Sequencing)
RNA-seq directo con tecnología Oxford Nanopore permite la secuenciación directa de moléculas de RNA nativo, sin conversión a cDNA ni amplificación. Este enfoque preserva la información original del RNA, incluyendo isoformas completas, colas poli(A) y modificaciones del RNA, proporcionando una visión más fiel de la expresión génica y la arquitectura transcriptómica.
La secuenciación en tiempo real y de lecturas largas permite abordar sistemas biológicos con alta complejidad transcriptómica y variabilidad estructural, reduciendo sesgos introducidos por pasos de retrotranscripción o PCR.
Ideal para:
Estudios de expresión génica en RNA nativo
Análisis de isoformas y splicing alternativo
Detección de modificaciones en RNA
Comparación de estados biológicos y respuesta a estímulos
Ventajas en RNA-seq directo con Oxford Nanopore
Secuenciación directa de ARN nativo
Detección directa de modificaciones del ARN
No requiere retrotranscripción ni amplificación
Conserva la orientación y longitud real del transcrito
Aplicaciones
Epitranscriptómica
Informacion adicional
En ATG Biosciences, el RNA-seq directo con Oxford Nanopore permite estudiar el ARN en su forma nativa, ofreciendo una visión funcional más cercana a la biología real, ideal para investigaciones avanzadas en regulación génica y modificaciones post-transcripcionales.
Epigenomics
La epigenómica basada en tecnología Oxford Nanopore permite la detección directa y simultánea de modificaciones químicas del ADN, como la metilación, sin necesidad de conversión química, amplificación ni tratamientos adicionales. Gracias a la secuenciación de lecturas largas, es posible analizar patrones epigenéticos en su contexto genómico completo, conservando la continuidad de la información a lo largo de regiones extensas del genoma.
Este enfoque aporta una capa regulatoria fundamental para comprender cómo se modula la expresión génica, cómo los organismos se adaptan a su entorno y cómo operan los mecanismos de regulación molecular en distintos estados biológicos. La epigenómica con Oxford Nanopore permite además integrar de forma natural la información genómica, transcriptómica y epigenética en un mismo marco analítico.
Aplicable a: bacterias, eucariotas, humanos y organismos no modelo, en estudios de investigación básica, aplicada y comparativa.
Ventajas con ONT para Epigenómica
- Lectura directa de modificaciones del ADN
- No requiere bisulfito u otros tratamientos
- Preserva el contexto genómico completo
- Aplicable a múltiples tipos de muestras
Aplicaciones
- Estudios regulatorios y funcionales
- Investigación en patógenos y microbiomas
- Genómica humana y medicina de precisión
- Mejoramiento genético vegetal
- Investigación evolutiva y ambiental
Informacion adicional
En ATG Biosciences, combinamos epigenómica y secuenciación Nanopore para responder preguntas científicas complejas, ofreciendo soluciones flexibles, personalizadas y de alto impacto.
Adaptive Sampling
El Adaptive Sampling es una estrategia exclusiva de Oxford Nanopore que permite enriquecer o excluir regiones genómicas específicas en tiempo real durante la secuenciación, sin requerir pasos experimentales adicionales como PCR, captura por sondas o enriquecimientos previos. Esta capacidad de decisión en tiempo real permite redirigir dinámicamente la capacidad de secuenciación hacia los objetivos del proyecto.
Gracias a esta tecnología, es posible maximizar la eficiencia del run, reducir costos y acelerar la obtención de resultados, especialmente en estudios donde el interés se centra en genes, regiones o genomas específicos dentro de muestras complejas. Adaptive Sampling resulta particularmente valioso cuando se trabaja con genomas grandes, mezclas metagenómicas o proyectos con preguntas biológicas claramente definidas.
Ideal para:
Estudios dirigidos y paneles personalizados
Genomas complejos y de gran tamaño
Metagenómica focalizada y vigilancia genómica
Proyectos con objetivos específicos y uso optimizado de recursos
Ventajas con Adaptive Sampling
- Enriquecimiento dirigido en tiempo real sin kits de captura ni PCR.
- Depleción selectiva de ADN no deseado (ej. hospedero).
- Secuenciación targetizada de genes, regiones o genomas específicos
- Respuesta rápida ante brotes epidémicos y vigilancia genómica
Aplicaciones
- Microbiologia
- Vigilancia genomica
- Cancer genomics
Informacion adicional
En ATG Biosciences, utilizamos Adaptive Sampling para diseñar estrategias de secuenciación inteligentes, permitiendo maximizar información relevante, reducir costos y adaptar el experimento en tiempo real según las necesidades del investigador..