Genomica Microbiana
Microbial Whole Genome Sequencing
La Secuenciación de Genoma Completo Microbiano (WGS) es una solución avanzada para el estudio integral de bacterias y hongos, permitiendo analizar su genoma completo en una sola corrida mediante tecnología Oxford Nanopore Technologies (ONT).
En ATG Biosciences, utilizamos secuenciación de lectura larga para obtener ensamblajes de alta continuidad, facilitando la identificación de genes, variantes estructurales, elementos móviles y características genómicas que no son fácilmente detectables con tecnologías de lectura corta.
¿Qué permite este servicio?
- Identificación precisa de especies y cepas
- Ensamblaje genómico de novo (genomas cerrados o de alta calidad)
- Detección de genes de virulencia y resistencia
- Análisis de plásmidos y elementos genéticos móviles
- Estudios filogenéticos y comparativos
Ventajas de ONT para WGS microbiano
- Lecturas largas para resolver regiones repetitivas
- Secuenciación rápida y escalable
- Resultados en tiempo real
- Mayor contexto genómico y estructural
- Ideal para bacterias y hongos clínicos, ambientales e industriales
Aplicaciones
- Investigación básica y aplicada
- Vigilancia microbiológica y genómica
- Estudios de patogenicidad
- Microbiología ambiental y alimentaria
- Biotecnología y control de calidad
Entregables
- Archivos FASTQ
- Raw data (Pod5 files)
- Profundidad > 50X
- Genoma ensamblado y anotado
Requerimientos mínimos
Bacteria:
(genome size < 7 Mb)
- Muestra: ADN
- Volumen: > 20 uL
- Concentración:
> 20 ng/uL - Calidad:
A260/280: 1.8
A260/230: 2.0 – 2.2
Hongos:
(genome size < 30Mb)
- Muestra: ADN
- Volumen: > 20 uL
- Concentración:
> 20 ng/uL - Calidad:
A260/280: 1.8
A260/230: 2.0 – 2.2
Viral Tiling Amplicon Sequencing
El Viral Tiling Amplicon Sequencing es una estrategia de secuenciación dirigida diseñada para obtener genomas virales completos o casi completos, mediante la amplificación de múltiples amplicones solapados (tiling) que cubren todo el genoma de interés.
En ATG Biosciences, este servicio se desarrolla de manera totalmente personalizada, adaptándose a las necesidades específicas de cada investigador, al virus de interés, al tipo de muestra y al objetivo del estudio.
¿Qué hace único este servicio?
A diferencia de enfoques estandarizados, nuestro Viral Tiling Amplicon Sequencing se diseña a medida, considerando:
- El virus o grupo viral de interés
- La región genómica a cubrir (genoma completo o parcial)
- El tipo y calidad de muestra
- El objetivo del estudio (vigilancia, investigación, evolución, variantes)
Ventajas de ONT para secuenciación viral dirigida
- Lecturas largas y secuenciación en tiempo real
- Alta flexibilidad en diseño de paneles de amplicones
- Rápida implementación y escalabilidad
- Ideal para estudios de vigilancia genómica ambientales e industriales
Aplicaciones
- Vigilancia genómica de virus emergentes
- Estudios de diversidad y evolución viral
- Investigación clínica y epidemiológica
- Proyectos académicos y de salud pública
Entregables
- Diseño personalizado de primers (tiling)
- Secuencias virales ensambladas
- Análisis de variantes
- Reporte bioinformático interpretado
- Acompañamiento científico continuo
Información adicional
En ATG Biosciences, no ofrecemos soluciones genéricas: co-creamos el diseño experimental junto al investigador, asegurando que la estrategia de secuenciación responda exactamente a sus preguntas científicas.
Metagenomics 16S/ITS
El servicio de Metagenómica 16S / ITS permite el análisis de comunidades microbianas complejas sin necesidad de cultivo, mediante la secuenciación de marcadores taxonómicos altamente informativos.
En ATG Biosciences, utilizamos tecnología Oxford Nanopore Technologies (ONT) para secuenciar regiones 16S rRNA (bacterias y arqueas) e ITS (hongos), logrando una resolución taxonómica superior, incluso a nivel de género y especie, gracias a lecturas largas.
¿Qué permite este servicio?
- Identificación taxonómica de microorganismos presentes en una muestra.
- Análisis de la diversidad microbiana (alfa y beta diversidad).
- Comparación de comunidades entre condiciones o tratamientos.
- Detección de microorganismos de interés biológico o sanitario
En ATG Biosciences, no solo entregamos datos: interpretamos la estructura y dinámica de las comunidades microbianas, acompañando al investigador desde el diseño experimental hasta el análisis final.
Ventajas de ONT para Metagenómica 16S / ITS
- Lecturas largas para mayor resolución taxonómica
- Menor ambigüedad en la asignación de especies
- Flexibilidad en el diseño de regiones amplificadas
- Secuenciación rápida y escalable
Tipos de muestras
- Muestras ambientales (agua, suelo, sedimentos)
- Muestras clínicas y veterinarias
- Alimentos y matrices industriales
- Microbiomas asociados a plantas y animales
Entregables
- Archivos FASTQ
- Raw data (Pod5 files)
- >80k reads
- Perfil taxonómico de la comunidad microbiana
Requerimientos de muestra:
- Muestra: ADN
- Volumen: > 20 uL
- Concentración:
> 20 ng/uL - Calidad:
A260/280: 1.8
A260/230: 2.0 – 2.2